A missão da SECTI-RJ é incentivar o desenvolvimento da ciência e tecnologia no Rio de Janeiro por meio da promoção da pesquisa científica, capacitação de profissionais em diversos níveis e participação em programas nacionais, aproximando empresas e instituições de pesquisa para inclusão social; exercer liderança nos movimentos científicos acadêmicos para contribuir com o desenvolvimento econômico e social do país; elaborar programas de promoção do desenvolvimento científico e tecnológico para toda a sociedade; conceder bolsas de estudo a pesquisadores e formar recursos humanos em todos os níveis, incluindo programas de extensão científica e tecnológica para beneficiar as camadas menos favorecidas da população.